Τα εκπαιδευτήρια Χουρδάκη δημιουργήθηκαν το 1966 με σκοπό να εφαρμόσουν τη φιλοσοφία, τις ιδέες και τις παιδαγωγικές απόψεις της ιδρύτριάς τους Μαρίας Χουρδάκη. Η Μαρία Χουρδάκη υπήρξε μία από τις πρώτες ψυχολόγους στην Ελλάδα..

Σημαντική επιστήμονας και εξέχουσα προσωπικότητα, γνωστή για το έργο της στις Σχολές Γονέων, την πρόληψη και την προστασία της ψυχικής υγείας του παιδιού, αλλά και όλων των μελών της οικογένειας, για το έργο της στον επαγγελματικό προσανατολισμό, για τον αγώνα της για την κατοχύρωση του επαγγέλματος του ψυχολόγου στην Ελλάδα, που επισφραγίστηκε με τη δημιουργία του πρώτου αυτόνομου Τμήματος Ψυχολογίας στη γενέτειρά της, το Ρέθυμνο,   καθώς και για άλλες σημαντικές πρωτοβουλίες και δράσεις, αποφασίζει να πρωτοστατήσει στην υλοποίηση του οράματός της για ένα σχολείο πρότυπο,  εφαρμόζοντας ένα εκπαιδευτικό σύστημα που προηγουμένως είχε αναπτύξει στις Σχολές Γονέων, στις ομαδικές συναντήσεις της με γονείς.
Ανταποκρινόμενη στα αιτήματα των καιρών για μια ανανεωτική οπτική στην εκπαίδευση, που θα ερχόταν σε αντιπαράθεση με την κρατούσα αντίληψη ενός αυταρχικού τρόπου διαπαιδαγώγησης, δημιουργεί ένα «αντιαυταρχικό σχολείο», σύμφωνα με τις δικές της παιδαγωγικές αρχές.

Οι αρχές αυτές διαπνέονταν από τον σεβασμό και την αναγνώριση του κάθε παιδιού ως ξεχωριστής και αυτόνομης προσωπικότητας, ως προσωπικότητας που χρειάζεται να ακουστεί και να βοηθηθεί κατάλληλα για να αναπτύξει το δικό της δυναμικό. Με θεμελιώδη αρχή ότι τα παιδιά χρειάζονται τους παιδαγωγούς και τους γονείς δίπλα τους ως συμμάχους και αρωγούς και όχι ως φορείς που θα επιβάλλουν την ισχύ και την εξουσία τους και θα απαιτούν από αυτά τυφλή υπακοή, ξεκίνησε να υλοποιεί το όραμά της.Το σχολείο εφάρμοσε την εξατομίκευση, τον διάλογο, ενθάρρυνε την ελευθερία στην έκφραση και τη σκέψη, προώθησε τη συνεργασία και έδειξε στα παιδιά εμπράκτως ότι μπορούν να ακουστούν και να δημιουργήσουν. Κατήργησε δυσλειτουργικά στερεότυπα του τότε εκπαιδευτικού συστήματος και ενίσχυσε εξωσχολικές δραστηριότητες, που αποτέλεσαν τη γέφυρα του σχολείου με τα δεδομένα και τις συνθήκες της πραγματικής ζωής.

Η συνεργασία με τους γονείς, και μέσα από τις ομάδες των Σχολών Γονέων αλλά και γενικότερα, υπήρξε καθοριστική. Το σύστημα της Μαρίας Χουρδάκη, πρωτοποριακό, δημιουργικό,  ιδιαίτερο, μοναδικό, ενέπνευσε πολλούς και βρήκε πολλούς μιμητές. Καταξιώθηκε διεθνώς ως σύστημα πρόληψης και πήρε την ονομασία Hourd System.

Σήμερα, τα εκπαιδευτήρια Χουρδάκη συνεχίζουν το έργο τους βασιζόμενα σταθερά πάνω στους κατευθυντήριους άξονες φιλοσοφίας και δράσης της ιδρύτριάς τους, προσαρμοζόμενα στα σύγχρονα αιτήματα και τα νέα δεδομένα της Παιδαγωγικής και της Ψυχολογίας.

Ο δημοκρατικός τρόπος αγωγής του παιδιού που εφαρμόζουν έχει τεκμηριωθεί ως το πιο πρόσφορο πρότυπο διαμόρφωσης υγιών προσωπικοτήτων. Το δημοκρατικό πρότυπο αγωγής και διαπαιδαγώγησης βασίζεται αφενός στους κανόνες και την εφαρμογή της οριοθέτησης και αφετέρου στην έκφραση και τη διαχείριση των συναισθημάτων παιδιών και ενηλίκων. Η αγάπη και η φροντίδα για το παιδί και τις ειδικές αναπτυξιακές του ανάγκες συμβαδίζει αρμονικά με την παροχή ενός πλαισίου ασφάλειας και σταθερότητας.

Οι δημοκρατικοί άξονες, που διαποτίζονται από ένα στιβαρό σύστημα αξιών και διαπνέονται από τις αναγκαίες αρχές της συναισθηματικής αγωγής, αποτελούν τις κύριες συνιστώσες της σημερινής φιλοσοφίας και δράσης μας, της σύγχρονης ταυτότητας του σχολείου μας. Είναι οι άξονες που καθορίζουν την πορεία του μέσα στα χρόνια και ανοίγουν δρόμο στο μέλλον.